文化保存與生態保育
本國家公園區域內擁有許多珍貴的海岸濕地資源，除原始紅樹林外，亦擁有許多動植物、人文與地景等資源。以建構完整的保護體系，達成生物多樣性之保育功能與文化之展現及延續，突顯區內之自然環境與人文價值，其內容涵括如下：
1.維護區域內獨特之地形、地貌景觀。
2.保護區域內自然演進生長之動植物及其棲息地，並提供候鳥棲息環境。
3.生態廊道延續性 因應地理環境資源條件、土地使用與經營管理現況做適當之保護，讓自然環境可以得到最適合的永續經營，並兼顧海岸濕地生態廊道之延續、保存，維繫臺灣西部沿海地區生態廊道之環境，促使生態系統更完整，其內容涵括如下：
4.保護區域內平埔族、西拉雅文化及重要先民移墾歷史人文史蹟及其環境，提供國民鄉土尋根，培養愛護文化情操。
5.保存區域內特色產業發展重要跡點（鹽田、魚塭）。
自然人文教育研究
自然人文資源均為重要的研究與學習資料，藉由經營管理策略操作，以系統化之調查計畫與環境監測計畫，建立完整的生物及人文資料平台，除確保物種及文化多樣性外，更可提供做為學術研究之用，讓生態研究能持續累積與交流，並提供戶外環境教育之場所與機會。其內容涵括如下：
生態遊憩解說體驗
國家公園區域擁有許多珍貴的動、植物資源與人文資源，是極有價值的戶外生態教室，應在不破壞與影響生態環境之條件下，提供國民適當的參與機會。其內容涵括如下：
增進與地方之共存、共榮及分享夥伴關係
周邊聚落居民長期居住於此，對區內的地形、動植物及環境相當熟悉，而豐富的文化資源更是他們獨特的資產，基於地緣因素及文化意義，增進彼此間的瞭解，建立互信、互助之夥伴關係。
