海埔地與沙洲為本國家公園區域海岸地理景觀與土地利用的一大特色，臺南沿海海岸陸棚平緩，加上由西海岸出海河川，輸沙量很大，且因地形與地質的關係，入海時河流流速驟減，所夾帶之大量泥沙淤積於河口附近，加上風、潮汐、波浪等作用，河口逐漸淤積且向外隆起，形成自然的海埔地或沙洲。在近岸地帶形成寬廣的近濱區潮汐灘地的同時，另一方面在碎浪區形成一連串的離岸沙洲島，形成另一特殊海岸景觀。
「海埔地」全稱為「海埔新生地」，係指在海岸地區經自然沉積或施工築堤涸出之土地，廣義而言，泛指臨海地區淺灘處表露的新生土地。除了自然沉積生成的海埔地之外，另外一種經施工築堤而成的海埔地，則是肇因於國家土地政策、經濟發展的需求或地理環境之需要時，由中央主管機關權衡設置而開發的人工海埔新生地。
1970-1980年代，在七股地區陸續開發了2,000多公頃的海埔地。這些開發而成的海埔新生地，有些開發成鹽田；有些規劃為養殖漁業魚塭用地，其中以七股區的虱目魚養殖漁業規模最大，造福了無數的漁村家庭；另外，曾文溪北岸的300公頃海埔地，被列為黑面琵鷺野生動物保護區，每年吸引大批的遊客前來一睹黑面琵鷺珍貴的生態奇景。
本國家公園範圍內，由北至南分別有六個沙洲地形，分別為青山港沙洲、網仔寮沙洲、頂頭額沙洲、新浮崙沙洲、曾文溪河口離岸沙洲及臺南城西濱海沙洲，近年來因遭受海浪與開發之影響，沙洲正以每年25-100公尺的速度退後中，並遭受侵蝕。