國際拉姆薩濕地公約(Ramsar Convention, 1971)廣義定義濕地為「指天然或人為、永久或暫時、靜止或流動、淡水或鹽水或半鹽水之沼澤、濕原、泥煤地、水域等區域，包括低潮時水深不超過6公尺的海域」。濕地具有調節氣候、涵養水源、滯洪防災及淨化水質等功能，豐富的生物多樣性成為重要的生物基因庫及繁衍棲息地。台江國家公園區內的潟湖、潮溝、鹽田、魚塭、河口沙洲、潮間帶及紅樹林等各樣濕地型態交織而成的濕地生態景觀。
台江國家公園是臺灣唯一濕地型國家公園，區內有2處國際級濕地（曾文溪口濕地及四草濕地）及2處國家級濕地（七股鹽田濕地及鹽水溪口濕地）。
曾文溪口濕地（國際級濕地）
本濕地位於曾文溪出海口，北起頂頭額沙洲國聖燈塔(七股燈塔)、南堤堤防及七股海埔堤防，南至曾文溪南岸青草崙堤防，東以省道臺17線(國聖大橋)為界，西側海域至等深線6公尺處，面積總計3,218公頃。
曾文溪發源於阿里山脈，標高2,609公尺;主要支流為後堀溪、菜寮溪及官田溪。流域面積約1,176平方公里，幹流長度約138公里。位於臺灣西南部的曾文溪口，由於上游帶來豐富的營養鹽，成為一個各級生物群聚的棲息地。每年10月起，吸引黑面琵鷺自韓國等地飛來過冬。範圍包括農委會公告的臺南市曾文溪口北岸黑面琵鷺動物保護區及臺南市曾文溪口野生動物重要棲息環境。
其包含之生態資源，瀕臨絕種的種類：黑面琵鷺、東方白鸛、諾氏鷸、遊隼及草鴞；珍貴稀有的種類：小燕鷗、鳳頭燕鷗、唐白鷺、黑鸛、白琵鷺、鵠、花臉鴨(巴鴨)、松雀鷹、赤腹鷹、灰面鵟鷹、鳳頭蒼鷹、澤鵟、魚鷹、紅隼、短耳鴞等；應予保育的種類：半蹼鷸、燕鴴、紅尾伯勞。沙岸指標鳥種東方環頸鴴，以及沼澤區的指標鳥種高蹺鴴及反嘴鴴等。
自曾文水庫興建後，曾文溪口海岸侵蝕日趨明顯，新浮崙沙洲、頂頭額沙洲年年退後，後退25~100公尺，沙洲與海堤間的潟湖面積也逐年減少。雖早年非法獵殺水鳥的情況獲得改善，但周休2日大量的賞鳥人潮仍然帶來的垃圾、塞車及干擾。
四草濕地（國際級濕地）
本濕地位於曾文溪、鹿耳門溪、鹽水溪與嘉南大排匯流處之間，省道臺17線西南側，被臺南科技工業區分隔成3處。其中A1區為高蹺鴴繁殖區，A2區為北汕尾水鳥保護區，A3區為竹筏港水鳥保護區，面積總計547公頃。
300多年前，四草濕地原為台江內海南端之北汕尾及南汕，1823年暴風雨氾濫成災，曾文溪改道，由上游沖下大量泥沙，使日漸淤積的台江內海形成一海埔新生地，同時也將台江內海分成三大鹹水潟湖，分別為鯤鯓湖、四草湖與七股潟湖。臺南市四草濕地範圍則依據農委會1994年11月30日公告的四草野生動物保護區及野生動物重要棲息環境，其中的A1區及A2區的部分舊鹽田已改善成為自然感潮的鹽沼濕地。屬海岸自然濕地、人為濕地及停晒的舊臺南鹽場。臺南鹽田濕地於晒鹽時期為四大濕地之一，與蘭陽溪口、關渡及大肚溪口齊名；於開發臺南科技工業區時，保留524公頃土地做為野生動物保護區。
其內包含之生態資源有，瀕臨絕種的種類；黑面琵鷺、東方白鸛、諾氏鷸、遊隼、草鴞；珍貴稀有的種類：小燕鷗、鳳頭燕鷗、唐白鷺、黑鸛、白琵鷺、花臉鴨、松雀鷹、赤腹鷹、灰面鵟鷹、鳳頭蒼鷹、澤鵟、魚鷹、紅隼、短耳鴞等；應予保育的種類：半蹼鷸、燕鴴、紅尾伯勞、東方環頸鴴與高蹺鴴。
自臺南科技工業區填土淤塞渠道後，濕地的生態環境丕變，慈鯛科的吳郭魚、胎鱂科的大肚魚與帆鰭胎鱂等3種外來種魚類成為此區的優勢種。晒鹽時期的優勢種，水生昆蟲的大員牙蟲、臺南搖蚊及多毛類的腺帶刺沙蠶，都因經營管理的方式改變而減少，不利於來此覓食的小型鷸鴴科水鳥，以及利用此保護區繁衍後代的高蹺鴴與東方環頸鴴。
七股鹽田濕地（國家級濕地）
本濕地北起將軍漁港南側，東側沿七股鹽場新鹽灘第一工區西側堤防往南，排除青山漁港，包括七股鹽場西區鹽區及中寮鹽區，南以七股潟湖南堤為界，西側海域至等深線6公尺處，包含頂頭額沙洲、網仔寮沙洲；扇形鹽灘等處為未定範圍。面積總計2,997公頃。
包括七股潟湖及東邊的鹽田，總開晒面積達1,976公頃，為全臺面積最大的鹽場。日治時期開發，2002年，七股鹽灘全面停晒。自1993年濱南工業區開發案要求使用潟湖與鹽田，做為煉油廠與煉鋼廠，引起超過100個的保育團體串連，發起搶救珍貴濕地與黑面琵鷺的環保運動；歷經13年，內政部區域計畫委員會審查，以「程序要件不符」為由，將全案退回經濟部，而得以暫時保住。
其內生態資源有，瀕臨絕種的種類：黑面琵鷺、東方白鸛、遊隼；珍貴稀有的種類：澤鵟、魚鷹、紅隼、小燕鷗、黑嘴鷗；應予保育的種類：燕鴴、紅尾伯勞。東方環頸鴴與高蹺鴴(在此濕地繁殖)，此外為提供黑面琵鷺等候鳥度冬期所需的食源，區域內之鳥魚蝦等生物亦應有足夠之供應計畫。
鹽水溪口濕地（國家級濕地）
本濕地位於鹽水溪出海口，北側毗鄰四草濕地A2區，自鹽水溪大排北堤起，南至安平堤防止，東以省道臺17線及大港觀海橋為界，西側海域至等深線6公尺處。面積總計635公頃。
近幾年，中白鷺在臺灣西南沿海地區繁殖，並建立新的族群；臺南市鹽水溪口的紅樹林區，也發現大白鷺及中白鷺有營巢的現象。另外，臺灣博物館學刊第58卷曾報導在此溪口採集到臺灣花瓣蛤為一雙殼綱的新種。
其內之生態資源有，瀕臨絕種的種類：東方白鸛、黑面琵鷺；珍貴稀有的種類：澤鵟、魚鷹、紅隼、小燕鷗、畫眉；應予保育的種類：紅尾伯勞、禾葉芋蘭。