台江國家公園是臺灣第8座國家公園，具有歷史場景意義及珍貴濕地生態系，也是知名保育鳥類黑面琵鷺度冬重要棲地，但是較少人知道，台江國家公園總面積39,310公頃中，陸地只佔4,905公頃，其餘34,405公頃都是海洋。
台江國家公園海域劃分為沿海等深線20公尺以內之「海域一般管制區（一）」及以漢人先民渡臺黑水溝航道為主之「海域一般管制區（二）」，皆屬亞潮帶，亞潮帶是指最低潮線到水深200公尺內（一般大陸棚深度）的海域。南海表層水、黑潮支流及大陸沿岸水在此交匯，明顯的季節性水團變化與臺灣西南區域乾、濕季節雨量差異所形成之季節性水文環境差異，以及珊瑚礁、沙地不同底質類型，加上水深可自沿海20公尺至黑水溝航道最深處170公尺，造就園區海域高生物多樣性。台江國家公園管理處105、106年委託國立中山大學海洋科學系陳孟仙教授研究團隊針對園區及周緣海域進行調查及文獻整理，截至目前為止，台江國家公園海域已記錄魚類642種，約佔全臺1/5之多。
底棲魚類顧名思義就是棲息在海洋底部的魚類。根據台管處105、106年委託研究計畫主要以研究船底拖網採集海洋生物結果，七股沿海有63種底棲魚類，黑水溝海域有34種，最常見的魚是小型比目魚，其他常見的魚有魟魚、牛尾魚、天竺鯛與鮋等，以下扼要介紹幾個底棲魚類大類：
- 比目魚：比目魚是好幾種魚類的通稱，像是鰈、鮃、舌鰨等，另外還有「扁魚」與「皇帝魚」的稱呼。其特徵是身體扁平，眼睛在身體的同側，身體上下兩側有基底很長的背鰭和腹鰭，沒有魚鰾，平躺在沙地上。比目魚屬肉食性，但牠們的活動能力差，游動速度十分緩慢。牠們是埋伏專家，平時埋藏在底層的沙子中，只露出眼睛，多數種類的身體顏色還會隨著躲藏地點而改變，與環境融為一體，靜待獵物上門，捕食的獵物通常是底棲無脊椎動物。比目魚是生態系中的二級至三級消費者，同時也是人類會食用的魚種之一，例如市面上常見的扁鱈、鱈魚或牛舌魚等。台江國家公園七股沿海最常見的比目魚是高體大鱗鮃（Tarphops oligolepis），而黑水溝航道最常見的比目魚是格氏舌鰨（Cynoglossus kopsii）。
- 魟魚：魟魚是軟骨魚，身體扁平，形狀為圓形或菱形，身體光滑無鱗片，左右兩邊的胸鰭發達，在水中游動時以波浪狀的方式擺動游泳，有如在水中飛翔。魟魚的尾巴細長，形同鞭子，尾上有毒刺，為其防禦武器，人若被刺中，嚴重有可能會喪命。魟魚的嘴位在身體腹側，眼睛則位在背側，因此當牠們在覓食時是看不見自己的獵物的，而牠們尋找獵物，是使用與鯊魚覓食時類似的方法―依靠嗅覺與電感測器（羅倫氏壺腹）。魟魚覓食時會貼著海底移動，有些會躲藏在沙中，靜待獵物上門。牠們的食物主要以底棲無脊椎動物為主，如軟體動物與甲殼類動物，有些則是濾食浮游動物。魟魚為了避免在海床移動時吸入過多的沙，會藉由身體上方靠近眼睛部分的一個孔口吸取海水，然後將水由身體下方的鰓孔排出，可以過濾海水。魟魚在臺灣主要做為下雜魚，經濟價值較低，但有些漁民會將鰭切下，充當魚翅買賣；有些國家會將魟魚的皮切下製作物品；而有些國家，則因魟魚性情溫馴，不太會主動攻擊人類，將魟魚做為觀光旅遊的賣點吸引潛水客。台江國家公園七股沿海可見赤魟（Dasyatis akajei），黑水溝航道則常見褐黃扁魟（Urolophus aurantiacus）。褐黃扁魟尾部有一根大刺，長度可及尾鰭上葉。
- 牛尾魚：牛尾魚的特色是身體和頭部很寬，體延長，平扁，向後漸細尖，頭部像被上下擠壓過的扁平狀，因此英文俗名有「flatheads」之稱。牛尾魚眼睛大且位在頭的上側，體背有兩背鰭，胸鰭寬大。牛尾魚是日行性動物，為沙地主要捕食者，和比目魚一樣會把身體埋在沙子裡，只露出兩個眼睛，虎視眈眈地等待獵物送上門，再突然躍起捕食。牠們的獵物是沙地上的無脊椎動物與小魚。除了捕食外，夜晚睡眠時也會埋入沙子中。牛尾魚身上的花紋和體色與環境很相似，讓牠們能夠與環境融為一體。較特別的是，牛尾魚的眼睛可以個別轉動，當一隻眼睛看著前方，另一隻眼睛可以轉來轉去注意四周的環境。台江國家公園七股沿海常見突粒眶棘牛尾魚（Sorsogona tuberculata），而黑水溝航道最常見到大眼牛尾魚（Suggrundus meerdervoortii）。
- 天竺鯛：天竺鯛是夜行性動物，白天會躲在石縫中，夜晚才外出捕食。肉食性，以其他底棲無脊椎動物為食。大部分天竺鯛雄魚有口孵行為，會把雌魚產下的卵放到口內孵育。台江國家公園七股沿海常見黑似天竺鯛（Apogonichthyoides niger）、寬條鸚天竺鯛（Ostorhinchus fasciatus）等。
- 鮋：鮋科的特色是平常游動緩慢，但可以短距離快速移動捕食。牠們常擬態為石頭等著獵物上門，或是將體色變成與環境一樣的顏色來躲藏。台江國家公園黑水溝航道常見小口鮋（Scorpaena miostoma）及皮鬚繸鮋（Scorpaenodes crossotus）。
台江國家公園擁有豐富海洋生物資源，台管處將持續進行海洋生物資源調查，掌握園區海域生物多樣性基礎資料及重要海洋生物類群分布與環境之相關性，提出適當的管制方式及未來保育研究方向，以促進海域生物資源之永續。