曾文溪北岸潮間帶係民國73年以圍堤涸土方式築堤形成之以水門漲退潮水的潮間帶，漲退潮間遼闊的潮間帶是當地漁民重要養殖與漁撈地點。臺南縣政府於91年11月將此區域300公頃範圍劃設為臺南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區，並公告「本區域內，於黑面琵鷺離開或北返之季節（每年5月至9月），允許設籍於本地或實際從事生產作業之漁民，以不違背本計畫書所載規範內容管制使用規範下，進行既有漁業行為」，而所謂「既有漁業行為」，係指人工採捕文蛤、赤嘴（環文蛤）及竹蟶。98年12月28日台江國家公園成立，本區域劃設為黑面琵鷺生態保護區，保護利用管制原則規定候鳥度冬期以外之其餘時間，「允許設籍於本地或實際從事既有生產作業之漁民，以不違背本計畫所載管制使用規範下，進行既有漁業行為」。
為防止台江國家公園黑面琵鷺保護區貝類資源因漁民過捕而導致族群數量減少，進行採捕控管及資源管理是急迫且必須的，故本處自100年起，每年委託專業團隊針對漁民主要採捕物種環文蛤為監測對象，進行長期的漁獲調查、族群數量及生殖生物學分析研究，進一步估算當地環文蛤族群數量、採捕規範限制、保育區規劃和開放採捕時間等。另針對共棲的經濟性貝類進行族群數量分析研究，作為台江國家公園黑面琵鷺保護區貝類資源保育及永續利用的基礎資料，以提供未來在開放傳統捕撈行為標準與規範之建議，達到該區域自然資源永續利用之原則。