園區年平均氣溫為 24.56℃，6月至9月氣溫最高，達29.50℃以上；最冷月 1 月平均溫度為17.7℃；最熱月7月平均為29.49℃，溫差近12℃以上；年平均氣溫24.56℃。整體呈現夏季溫度無太大差異，冬季整體溫度高於平均值，春秋季則視降雨情形而定。

受季風及地形影響，降雨、乾、濕季分明，雨量集中在5月到9月之梅雨季及颱風季，約佔全年的80%。而乾旱開始時期與東北季風季節大致相同，約從10月起至隔年的4月為乾季，雨量稀少；近年極端氣候明顯，民國109-111 年期間年總雨量均明顯少於過去9 年平均，尤其111 年總雨量大幅減少40%，進而造成112 年臺南罕見大旱。113 年因颱風接連侵襲，總雨量高達2,284 毫米，明顯高於歷史平均，顯見近年旱澇更迭相當顯著。

依據中央氣象署台南測站長期氣候統計，年平均日照時數高達 2,180.8 小時，每日平均日照將近 6 小時。

冬季受大陸冷氣團影響，盛吹東北至偏北季風，天氣乾燥冷冽，園區沿海空曠地區及沙洲極易出現強陣風；夏季則受太平洋高壓影響，西南氣流旺盛，盛吹南風及西南季風，高溫多濕。

根據氣候統計資料顯示，颱風侵臺時間集中在6~10月；因位於嘉南平原西側，受中央山脈屏障，颱風影響較小。

安南測站年平均相對濕度為 82.39%，全年每月濕度均大於80%，而春冬秋季為相對乾燥，8 月因西南季風最為盛行，加上颱風、西南氣流等因素，濕度高達
84.90%，為全年最濕之月份。