台江國家公園位於臺灣西南部濱海地區，過往幾百年來經人為開發之影響，區域內主要為紅樹林、鹽地沼澤、海岸沙地及荒廢地等不同類型生育地，園區維管束植物資源調查共記錄57科146屬507種，種類較多的科為豆科、禾本科、菊科、大戟科、錦葵科、旋花科等主要分布在熱帶地區的植物。

台江國家公園稀有植物及各類型生育地植物分布情形如下：

稀有植物

調查成果依照臺灣維管束植物紅皮書（2017）所制定標準加以判定稀有等級，稀有植物共計有24科33屬34種，但其中18種係因栽培種植及未再次發現(中國菟絲子)扣除外，共記錄有16種自然生長之稀有植物，包含極危（CR）：腺藥豇豆、海南草海桐；瀕危（EN）：亞洲濱棗、粗穗馬唐；易危（VU）：土沉香、老虎心、厚葉牽牛、變葉立牽牛、光梗闊苞菊；接近威脅（NT）：鐵毛蕨、欖李、圓萼天茄兒、禾草芋蘭、臺灣蒺藜、臺灣虎尾草；第16種為濱溝馬齒，係105年發表之新紀錄種，故紅皮書尚未收錄，但此種數量稀少且分布侷限，特以資料缺乏（DD）之物種註明。

紅樹林

紅樹林之名源自於紅樹科植物，遍布熱帶與亞熱帶之海陸交界地區，因生育環境具土壤長期缺氧、土質鬆軟、鹽度及溫度變化大等特性而演化出「氣生根」、「支柱根」或「胎生現象」等機制，以適應潮間帶之特殊環境。國際紅樹林生態學會將廣義紅樹林依其生育地和習性分為3類，分別為真紅樹林植物（True mangroves）、半紅樹林植物 （Minor mangroves）及紅樹林伴生植物（Mangrove associates），台江地區擁有之紅樹林植物分述如下：

真紅樹林植物

真紅樹林植物為生長在河口潮間帶之木本植物，具有適應潮間帶環境的氣生根及胎生現象等。台江地區現有之真紅樹林植物包括海茄冬、欖李、紅海欖等3種，栽種的種類有水筆仔和紅茄冬，已成為臺灣真紅樹林植物最多之地區。

半紅樹林植物

半紅樹林植物是能在陸地生長亦能延伸到潮間帶生長之木本植物，因此許多海岸植物均可列入，例如黃槿、土沉香、欖仁、臺灣海桐等，栽種的植物有白水木、水黃皮、紐仔樹、繖楊、銀葉樹等。

紅樹林伴生植物

紅樹林伴生植物是伴隨紅樹林生長的蔓藤及灌木，通常生長在紅樹林邊緣地帶，台江地區常見如三葉魚藤、鯽魚膽、苦林盤、老虎心、搭肉刺、苦檻藍、草海桐及海南草海桐。

鹽地沼澤

鹽地沼澤鹽分高、風力強且乾濕季水分變化大，植物種類少但數量豐富，除沉水性植物外，亦有禾本科、莎草科等植物，常見植被為海馬齒、裸花鹼蓬、鯽魚膽、蘆葦、鹽地鼠尾粟、海雀稗、水蔥等。

海岸沙地

海岸沙地質地疏鬆、鹽度高、風力強且陽光充足，加速水分散失，形成極乾旱的環境，沙岸植物常有節節生根、莖葉肥厚、葉表具絨毛或披蠟質等特性，主要優勢植物有馬鞍藤、濱刺麥、海埔姜、臺灣蒺藜、濱刀豆、草海桐等。

部分海岸沙地區域栽植有以木麻黃為主之人工防風林，其中城西防風林位於曾文溪以南、鹿耳門溪以北的海岸線旁，因位處潮間帶地區，林內部分低窪地區、排水溝及渠道易受漲退潮和夏季雨量影響，形成水域、陸地交互錯綜的地景，而半淡鹹水的濕地環境也有許多紅樹林植物，形成林間沼澤濕地景觀，增加了此區的物種多樣性，且有多種植物生長在林下或是林內空隙，包含鐵毛蕨、圓萼天茄兒、老虎心、搭肉刺、亞洲濱棗等。

水生維管束植物

部分水淺且透光性高之水域分布有水生維管束植物，例如在七股鹽田廢曬後之鹽田水域主要有卵葉鹽藻、流蘇菜，也常見有甘藻、線葉二藥藻；北汕尾水道沿岸淺水域有卵葉鹽藻、貝氏鹽藻。