自行車道第一期計畫範圍以臺南市七股區六孔碼頭週緣地帶為主，串聯六孔碼頭、南灣碼頭、海寮紅樹林及黑面琵鷺賞鳥亭等觀光景點，業於100年4月完成；第二期（100年）則以全區範圍及各家園守護圈為規劃重點，目標為串聯園區內各景點資源、歷史場景及家園守護圈，並結合大臺南市規劃之自行車道路網，劃設全園區自行車道系統。
本處自行車道規劃時首重路線周緣之安全性以及舒適性，並搭配當地特有特色與襲產，打造兼具故事性、生態性、空間意象特性等多元面向之自行車道。透過自行車道之建設，讓遊客進入國家公園後，利用綠能運具，發展綠色經濟與綠色旅遊，並逐步改善汽機車所造成的能源消耗及污染排放問題，以達寓教於樂、國民休閒與運動環境的改善及運動人口倍增之目標。