台江國家公園位於北廻歸線以南，兼受季風影響屬於亞熱帶氣候。根據中央氣象局民國97年統計資料顯示，每年7月至10月氣溫最高，達28℃以上；每年12月至翌年2月最低，在20℃ 以下。最冷月2月平均溫度為15.8℃；最熱月8月平均為29.6℃，溫差10℃以上；年平均氣溫24.5℃。
台江國家公園因受季風及地形影 響，降雨、乾、濕季分明，雨量集中在5月到9月之梅雨季及颱風季，以6月最多，約佔全年的40％。而乾旱開始時期與東北季風季節大致相同，由每年10月起 至隔年的4至5月為乾季，雨量稀少。
台南地區全年日照充足，年總數 2,093.5小時，約佔可能日照數的50％，比基隆、宜蘭等多雨區20~30％高出頗多。
台江國家公園冬季受大陸冷氣團 影響，盛吹東北至偏北季風，天氣乾燥冷冽，夏季則受太平洋高壓影響，西南氣流旺盛，盛吹南風及西南季風，高溫多濕。
由過去氣象紀錄顯示，颱風侵台 最早在4月，最晚11月，其中以7、8、9月最盛。本區因位於嘉南平原西側，受中央山脈屏障，颱風影響較小。
台南地區相對濕度年平均 73％，各月相對濕度約在67％~82％之間
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