「台江國家公園計畫」於民國98年報經行政院正式核定，為臺灣第8座國家公園，同年10月15日內政部正式公告成立、12月28日管理處正式揭牌，是首座由地方催生、中央接手設立，也是唯一兼具歷史文化、自然生態、漁鹽襲產資源特色，並強調「與地方共生」的國家公園。
臺南沿海地區為漢民族渡臺較早進入墾殖的地區之一，不僅保留有西拉雅平埔族文化歷史遺跡，漢民族各時期的墾殖史蹟，更是豐富而完整；台江內海及曾文溪改道等地形變遷，尤其饒富滄海桑田的變化過程。本地區因長期作為鹽田、港埠與魚塭等使用，在臺灣經濟的快速發展過程中，保存了幅員廣大的珍貴濕地生態系，其間不僅分布大量的紅樹林，並成為黑面琵鷺等珍稀鳥類重要的棲息地。
97年11月27日內政部國家公園計畫委員會第80次會議審查臺南市政府所報「台江黑水溝國家公園設置可行性暨先期規劃案」，鑑於台江地區具有歷史場景之意義，兼具濕地生態保育功能，具體落實「亞洲濕地大會」共同宣言，實具備國家代表性核心價值，並與保護國家特有自然風景、野生物及史蹟之國家公園設立宗旨契合，原則同意及決議後續推動包含臺南市現有劃設範圍調整等事宜。
由於上述範圍尚未能涵蓋完整的台江地區，內政部乃於97年12月與前臺南縣政府及交通部觀光局初步協商，期望將曾文溪北側之台江沿海地區納入國家公園範圍；98年3月，內政部再次與臺南縣政府協商獲致共識，將七股潟湖、黑面琵鷺保護區及海寮紅樹林保護區等地區納入國家公園範圍。98年 6月29日提送台江黑水溝國家公園計畫書圖草案，報請內政部國家公園計畫委員會第83次會議審查修正通過；至於國家公園名稱部分，考量該地區幾百年來均以「台江」相稱，另從國際化觀點，如加上黑水溝，不利於國際上之溝通，故將名稱修正為「台江國家公園」。98年9月28日「台江國家公園計畫」經行政院於核定，台江國家公園管理處於12月28日上午揭牌成立，國家公園經營管理於焉開始。
歷經多年經營管理，管理處於103年10月15日起辦理台江國家公園計畫第1次通盤檢討，經106年12月15日內政部國家公園計畫委員會第114次會議審議通過，107年6月5日獲行政院核定，107年8月22日內政部公告實施。陸域部分除包括臺南市鹽水溪口濕地至曾文溪沿海公有地及黑面琵鷺保護區、七股潟湖等區域外，主要增加台區鹽田、鹽水溪臺17線以西部分範圍，面積5,090.21公頃，以孕育生物多樣性濕地、先民移墾歷史及漁鹽產業文化三大特色為計畫主軸；海域部分包括沿海等深線20公尺與平均高潮線向海3浬涵蓋之最大範圍，以及鹽水溪至東吉嶼南端等深線20公尺所形成之寬約5公里，長約54公里之海域，亦即以漢人先民渡臺主要航道中東吉嶼至鹿耳門段為參考範圍，面積35,641.10公頃，園區總面積合計40,731.31公頃。
112年9月20日內政部組織改造，國家公園管理業務由原內政部營建署移入內政部國家公園署，原台江國家公園管理處依組織改造更名為「內政部國家公園署台江國家公園管理處」。
計劃分區
台江國家公園區域依據國家公園法第12條規定，依現有土地利用型態及資源特性，劃設為 「生態保護區」、「特別景觀區」、「史蹟保存區」、「遊憩區」及「一般管制區」， 針對各分區劃定不同目的與經營管理標準，使國家特有的人文史蹟、自然資源得以保存及永續發展。
台江國家公園未來將以台江地區所具備之多樣性、珍貴與國際級的自然資源、生態及文化景觀、歷史人文特質條件作為保育與發展的重要基底，並因應國際對保育觀念與保存重要歷史文化襲產日益重視的趨勢，持續保護國家特有自然風景、野生動物、植物及史蹟，並提供國民育樂及研究使用的區域，為國內保留更多樣完整之生態系、豐富的基因地及歷史紀念場域。
檢視台江國家公園(一通)計畫圖陸海域