臺灣西南沿海嘉義到高雄一帶，約6,000年前是一處大海灣，因曾文溪長年自上游挾帶而下的泥沙淤積，逐漸形成三角洲(又稱為蕭巄半島)，將古海灣北部一分為二，形成南側的台江內海與北側的倒風內海。
有「青暝蛇」之稱的曾文溪，仍持續不斷帶來大量泥沙，將臺灣西南部海岸線緩緩向西推進；除此之外，每遇大風雨更常造成河川改道、洪水氾濫，使台江內海逐漸淤積陸浮。
近代歷史上曾文溪有4次重大改道記錄：
- 1823年，舊名汪溪的曾文溪因上游大洪水冲破蘇厝甲(今臺南安定)，溪水挾帶大量泥沙流入台江內海，造成內海急速淤積陸浮；
- 1871年，曾文溪北方支流在公地尾(今七股永吉)附近改道向南，與主流會合後衝破北線尾島(今臺南四草)，成為今日的鹿耳門溪；
- 1904年，曾文溪再次由公地尾附近轉向西流，沖毀十份聚落，經三股仔自國賽港(今臺南七股)出海；
- 1911年，曾文溪因大水改道，向西冲破青草崙沙洲流入臺灣海峽，成為今日所見的曾文溪。