台江國家公園範圍內至少有13 目800種（類）的昆蟲，其中除彩裳蜻蜓、高翔蜻蜓、臺灣窗螢、炮步行蟲、菊紋虎天牛、二色擬緣腹朽木甲，象鼻蟲與六條瓢蟲等為常見物種，園區城西防風林是珍貴稀有物種臺灣暗蟬（Taiwanosemia hoppoensis，又名北埔蟬）的重要棲地，擁有全臺最大的族群數量。
六條瓢蟲
Menochilus sexmaculatus
彩裳蜻蜓
Rhyothemis variegata arria
而依據本處103-104年委託臺南大學進行昆蟲調查與常見昆蟲圖鑑製作案發現，除一般平地濱海地區常見的昆蟲外，在圖鑑180種昆蟲中更收錄了幾乎未曾出現於國內昆蟲圖鑑的黃斑海黽（Asclepios apicalis）、長縱條瓢蟲（Brumoides ohta）、大員牙蟲（Berosus tayouanus）、姬黑條金龜（Anomala erubescens）、蓬萊沙蜂（Bembix formosana）、刺蝶角蛉（Acheron trux）、褐胸蝶角蛉（Ascalaphus placidus）、褐頂蝶角蛉（Ascalohybris subjacens）、土阱蟻蛉（Cueta sauteri）、胸紋蟻蛉（Myrmeleon littoralis）、臀腋蟻蛉（Myrmeleon persimilis）、沙阱蟻蛉（Myrmeleon punctinervis），展現台江昆蟲相與眾不同的面貌。
蓬萊沙蜂
Bembix formosana
蓬萊沙蜂會成群在海灘邊捕食棄置蚵殼上的蒼蠅，養蚵產業不止餵養了我們，也許還間接餵養了牠們。
褐胸蝶角蛉
Ascalaphus placidus
在這些特殊的昆蟲中，黃斑海黽、蓬萊沙蜂、褐胸蝶角蛉皆是自發表紀錄以來，第一次重新被調查到，急需要進一步的研究、調查。黃斑海黽是臺灣目前已知唯二會在海水環境活動的水黽，更是唯一棲息於紅樹林中的水黽，自1924年以來便未曾被發現；蓬萊沙蜂則棲息在防風林與沙灘之間，常聚集在棄置蚵殼上大啖蒼蠅，與臺南地區的養蚵產業息息相關，由於模式標本位於海外，長年無法鑑定，拜標本數位化之賜，才讓牠自1913年發表以來再次被發現；褐胸蝶角蛉則棲息於陸化的濕地中，1912年漢斯．紹德曾經在臺南安平地區採得大量標本，不過由於國內相關的研究極為缺乏，且百年以來未有其他地方有調查記錄，研判本種在臺灣的分布可能侷限於台江一帶。除了再次被發現的昆蟲之外，長縱條瓢蟲、姬黑條金龜也都是相關記錄極少，生態習性不明的昆蟲，而在104年調查中更首次紀錄到了長縱條瓢蟲的幼蟲、蛹。
臺灣暗蟬
Taiwanosemia hoppoensis
臺灣暗蟬分布極為侷限，且與木麻黃林關係密切，是急需要保育的物種。
臺灣暗蟬在過去曾經廣泛分布於西部平原，而今只零星出現於西部的海岸防風林，其中最大的一個族群則在台江國家公園內，目前已知寄主植物為木麻黃。臺灣暗蟬不僅是臺灣特有種，該屬更是只有一屬一種，分類、生態地位極為特殊，是台江國家公園的一大特色。
除了這些稀有昆蟲之外，土阱蟻蛉、胸紋蟻蛉、臀腋蟻蛉、沙阱蟻蛉等蟻蛉科昆蟲，牠們的幼蟲俗稱「蟻獅」，皆是海岸林、濱海沙地地面上重要的掠食者，對螞蟻數量的控制扮演重要的角色，具有極為特殊的生態行為，是生態教育、行為研究極好的教材。由於蟻獅對於棲地十分挑剔，是十分容易受到土地開發、道路施工等人為活動干擾，是台江砂質土地上需要被保護的弱勢族群。
一般昆蟲調查的重心大多放在森林、河流、高山等生態系，往往忽略了平地、濱海、近郊生態系的重要性。然而這些區域卻是最容易受到人為活動干擾，是最脆弱也是最急需投入調查、保育的生態，善用其與人類生活圈接近的特點，發展社區保育與公民科學，這樣的生態系將會是台江國家公園與生俱來最大的特色與優勢。