台南沿海地區為漢民族渡台較早進入墾殖的地區之一，不僅保留有西拉雅平埔族文化歷史遺跡，漢民族各時期的墾殖史蹟，更是豐富而完整；台江內海及曾文溪改道等地形變遷，尤其饒富滄海桑田的變化過程。本地區因長期作為鹽田、港埠與魚塭等使用，在台灣經濟的快速發展過程中，保存了幅員廣大的珍貴濕地生態系，其間不僅分布大量的紅樹林，並成為黑面琵鷺等珍稀鳥類重要的棲息地。
為保存台江地區豐富的自然、人文與產業資源，台江國家公園於民國98年9月28日正式成立，管理處於12月28日上午揭牌，為台灣地區保留更多樣完整之生態系、豐富的基因地及歷史紀念地。