國道北上：行駛國道一號於臺南系統/國道三號於新化系統→轉國道8號臺南支線後於臺南端出口交流道下→接安吉路（17甲）→右轉公學路三段（178縣道）→右轉十二佃路→再接回公學路五段直行至公學路七段→右轉台17線後上國姓橋→過國姓大橋後右轉沿下橋匝道直行→右轉接173縣道後循「黑面琵鷺保護區｣指標→直行經過黑面琵鷺生態展示館後約1公里即可抵達。
國道南下：行駛國道一號下麻豆交流道接176縣道往佳里方向至七股→靠左接台17線至國姓橋前→右轉173縣道後循「黑面琵鷺保護區｣指標→直行至十份交流道紅綠燈→再直行經過黑面琵鷺生態展示館後約1公里即可抵達。
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