魚塭養殖可分為淺坪式養殖與深水式養殖,漁民引入海水或是添加淡水及飼料,使得魚塭內鹽度多變且富含營養鹽及有機物,造就台江養殖的多樣性,目前台江地區的魚塭養殖中經濟魚蝦貝有,虱目魚、龍膽石斑、黃錫鯛、烏魚、文蛤、白蝦等。
其中虱目魚為臺灣早期最常見的養殖魚種,屬於淺坪式養殖,利用浮覆地或是廢耕的土地開挖成水深不超過1公尺的魚池,以利水中的藻類進行光合作用,培育作為虱目魚的食物來源。後來,轉而發展為人工投餵飼料的深水式養殖,並加設水車促進水中溶氧量,水深提高增加放養密度,單位面積產量達到淺坪式養殖的3倍以上,成為現今臺灣虱目魚養殖的主要型態。
當魚塭陸續收獲完成時,漁民常會洩乾池水、曝曬池底、整理魚塭及讓魚塭休養,此時太小無法撈捕的殘留雜魚等成為鳥類豐富的食物,因此台江地區養殖漁業與鳥類生態之間屬於互助互長關係。