台江國家公園內土地權屬幾乎為公有，私權影響較少；範圍內一般管制區目前均維持原有的土地利用型態，對當地既有之漁業活動仍予尊重及輔導，並允許傳統漁業如養蚵、插蚵架、釣魚、魚貝類採集等行為，並不會造成漁民額外之困擾。此外，位於特別景觀區擁有魚塭承租權之養殖魚塭業者，亦得依合約之規定維持原有養殖型態，或透過台江國家公園管理處之輔導，可轉型為生態旅遊型態，以提高產業收益，改善漁民生計。至於七股黑面琵鷺保護區內，僅於黑面琵鷺度冬期間，除公設解說亭、棧道、水防道路及指定許可範圍外，禁止人員、車輛或其他動力機械交通工具進入。其餘時段，依循地方政府往例，允許設籍七股之當地漁民，人工採捕文蛤、赤嘴及竹蟶等三種經濟貝類。國家公園未來將以地方參與經營管理、專業保育研究及保護利用管制等方式，致力保護區內自然環境不受人為破壞，確保生物資源生生不息，讓地方漁民永續利用台江漁業資源。