曾文溪北岸潮間帶係民國73年以圍堤涸土方式築堤形成之以水門漲退潮水的潮間帶，由七股海堤、曾文溪河堤等堤防圍堤後形成之廣大浮覆潮間帶，感潮水源來自七股海堤1號水門，是為唯一與海直接相連通的出入水口，另外尚包含南側曾文溪河堤1號水門以及周緣養殖引排水潮溝而匯流至保護區內水源。由於潮水漲退所匯聚豐富營養鹽，因而形成多樣生物群聚棲地，長年以來是黑面琵鷺等度冬候鳥重要棲息地，同時也是當地民眾重要傳統捕撈漁獲地點。
前臺南縣政府(現合併為臺南市政府)於91年11月將此區域約300公頃範圍劃設為臺南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區，並公告「本區域內，於黑面琵鷺離開或北返之季節（每年5月至9月），允許設籍於本地或實際從事生產作業之漁民，以不違背本計畫書所載規範內容管制使用規範下，進行既有漁業行為」，而所謂「既有漁業行為」，係指人工採捕文蛤、赤嘴（環文蛤）及竹蟶。98年12月28日台江國家公園成立，本區域劃設為黑面琵鷺生態保護區，保護利用管制原則規定候鳥度冬期以外之其餘時間，「允許設籍於本地或實際從事既有生產作業之漁民，以不違背本計畫所載管制使用規範下，進行既有漁業行為」，在每年度冬期，以相對嚴格管制方式，確保黑面琵鷺等度冬候鳥度冬棲地，相對在非度冬季開放七股居民進行既有漁業行為。如此時序上的變化，提供不同對象不同的濕地生態功能服務，可說是明智利用典範。
為了永續利用保護區內經濟貝類資源，進行採捕控管及資源管理是急迫且必須的，故本處自100年起，每年委託專業團隊針對漁民主要採捕物種環文蛤為監測對象，進行長期的漁獲調查、族群數量及肥滿度分析研究，依據研究結果調整開放採捕策略，並於109年起新增南北分區開放採捕策略，參照每年經濟貝類資源調查成果，以分區模式輪替開放在地居民採捕，例如109-112年度期間開放南分區為採捕區，北分區為禁採區；113年度則輪換北分區為採捕區，南分區為禁採區。近年業由在地村里意見領袖提出龍鬚菜等納入開放採捕物種之相關建議，刻透過結合科學研究及試驗實作方式，評估其可行性，期達到該區域自然資源永續利用，與在地居民共同維繫濕地明智利用理念。