台江國家公園內土地權屬幾乎為公有,私權影響較少;範圍內一般管制區目前均維持原有的土地利用型態,對當地既有之漁業活動仍予尊重及輔導,並允許傳統漁業如養蚵、插蚵架、釣魚、魚貝類採集等行為,並不會造成漁民額外之困擾。此外,位於特別景觀區擁有魚塭承租權之養殖魚塭業者,亦得依合約之規定維持原有養殖型態,或透過台江國家公園管理處之輔導,可轉型為生態旅遊型態,以提高產業收益,改善漁民生計。至於七股黑面琵鷺保護區內,僅於黑面琵鷺度冬期間,除公設解說亭、棧道、水防道路及指定許可範圍外,禁止人員、車輛或其他動力機械交通工具進入。其餘時段,依循地方政府往例,允許設籍七股之當地漁民,人工採捕文蛤、赤嘴及竹蟶等三種經濟貝類。國家公園未來將以地方參與經營管理、專業保育研究及保護利用管制等方式,致力保護區內自然環境不受人為破壞,確保生物資源生生不息,讓地方漁民永續利用台江漁業資源。