目前雲嘉南濱海國家風景區有部分範圍與台江國家公園範圍重疊，惟台江國家公園以保育濕地生態、台江歷史場域及產業文化為主軸，雲嘉南濱海國家風景區係以發展觀光遊憩為主軸，各有其權責。
台江國家公園與雲嘉南濱海國家風景區之差異如下：
(一)主管機關不同：台江國家公園之主管機關為內政部(國家公園署)， 雲嘉南濱海國家風景區為交通部(觀光局)。
(二)適用法源不同：台江國家公園適用法源為國家公園法，雲嘉南濱海國家風景區為發展觀光條例。
(三)設置目的不同：台江國家公園設置目的以保護珍貴自然資源或文化資產及提供生態旅遊為主，雲嘉南濱海國家風景區係以推動觀光旅遊為主。