台江地區豐富的自然資源及首屈一指的珍貴歷史人文風貌，讓臺南市政府戮力於推動國家公園的設置。民國97 年11 月27 日，內政部國家公園計畫委員會審查通過臺南市政府提報「台江黑水溝國家公園設置可行性暨先期規劃案」，嗣於民國98年6月29日，審查修正通過臺南市政府提送「台江黑水溝國家公園計畫書、圖(草案)」，報請行政院核定。
「台江」抑或「臺江」一詞，皆有專家學者採用，因本地區幾百年來均以「台江」相稱，而黑水溝國家公園從國際化的觀點較不利於溝通，故將名稱修正為「台江國家公園」，且自臺南市政府推動開始乃至內政部審議通過之過程皆採「台江」一詞，故民國98 年10 月15 日台江國家公園計畫書、圖由內政部公告，管理處於同年12月28日正式揭牌成立，沿用簡體「台」字至今。