曾文溪口濕地於91年11月1日正式劃設為「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區」，面積300公頃，此區域為72年至76年間採「圍堤凅土」所成，本區七股新舊海堤內之浮覆地已登錄為台南市土地。其相關事項之一，明訂「本區域內，於黑面琵鷺離開或北返之季節（每年5至9月），允許設籍於本地或實際從事生產作業之漁民，在不違背本計畫書所載規劃內容管制使用規範下，進行既有漁業行為」。本處於98年9月28日核定為台江國家公園範圍之一，該區域則畫設為生態保護區類的「黑面琵鷺保護區」，相關保育事項延續前述保育原則而為之。
本處在上述原則下，為能有效管理該生態保護區內各項生態資源並尊從過去在地漁民作業習性，開放採捕經濟貝類有文蛤、環文蛤（俗稱赤嘴）等，並於101年開始進行有系統的登記制，並發給採捕人員識別證與可識別的背心。此外為讓漁民逐漸能自主管理，政府強制管理為輔，發給每人可自行測量環文蛤並兼具日常生活小物-環文蛤測量鑰匙圈，而現場工作人員只是協助再確認與秤重紀錄。
今年（106）自5月15日開放至採捕季結束（7月31日），就採捕總量今年環文蛤被採捕9161斤、文蛤0.5斤，文蛤被採捕量太少，因此以環文蛤為主要計算標準；進入採捕人數達502人次，就環文蛤被採捕量比105年少了5219斤，但每人平均採捕量18.25斤顯然與前一年（105）的18.63斤差異不大。由此可以看到被採捕總量有減少了，但是在沒有減少個人採捕收益下，顯見今年在縮減採捕期與劃設禁採捕區的雙重措施下，已適量的減少環文蛤被採捕的壓力。
此保護區主要保育目的，在保護瀕臨絕種鳥類-黑面琵鷺及其他伴隨而來的候鳥們，其中包括大白鷺、蒼鷺、中白鷺、裡海燕鷗等，此群候鳥大約在每年9月開始會陸陸續續到這裡度冬或過境，而這些候鳥大都以魚蝦為主要覓食種類；然在地漁民採捕種類都以文蛤與環文蛤為大宗，而這兩種貝類都不是這群候鳥們可覓食的食物；就此觀察發現，候鳥覓食的食物與在地漁民採捕物種沒有衝突下，國家公園保育策略是可以兼顧生態保育與維持居民傳統生計達到雙贏局面。保育自然生態是可以兼容在地傳統居民生計，這是新一代的保育史觀。