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從荷蘭西班牙殖民臺灣至於明鄭王國時期，臺灣與島外地區貿易繁盛。臺灣作為一個貿易轉運站，與中國間的航運相當頻繁。由荷蘭人、西班牙開發4條航道中，大員廈門路線開發最早，為當時臺、閩間首要航路。荷蘭人為開拓東亞商機、蒐羅漢人商品，積極尋覓東亞貿易轉運中心，於1622年佔領澎湖。然於1624 年，明朝派兵驅逐荷蘭人，在大軍包圍下棄守澎湖，轉進臺灣，於大員建立熱蘭遮城等軍事堡壘，並以大員為根據地與廈門地區建立起直接貿易關係，大員逐漸成荷蘭人東亞貿易中心。在荷蘭人積極招攬並提供港埠設施以為利用情況下，航行於大員廈門間的漢人船隻逐漸增加，這條路線也逐漸成為兩岸間最重要航路，而北汕尾島南北兩側的大員港道與鹿耳門港道，成為臺灣兩大港道。

永曆15年（西元1661年），鄭成功率軍渡海來臺，擊敗荷蘭人，建立漢人政權。鄭成功渡海登臺的路線可分為三段。第一段：永曆15年（西元1661年）3月23日，鄭軍由金門料羅出發，3月24日（4月23日）到達澎湖，鄭成功駐蒔內嶼。第二段：3月27日（4月26日）由澎湖出發，至柑桔嶼（東吉嶼）阻風，返回澎湖。第三段：3月30日（4月29日）由澎湖再出發，4月1日（4月30日）早上到達鹿耳門水道口，中午鄭軍船隻趁漲潮通過鹿耳門水道，最後由禾寮港登陸。

清領時期是臺灣大規模開墾階段，移民往來與開發後物資流通，皆仰賴海舶。1683年，鄭克塽降清，當局為避免潛藏明鄭勢力再度死灰復燃，其乃將臺閩間的交流嚴格地限縮在鹿耳門與廈門之間的單一航路上，以完全掌控民眾的進出臺灣，以抑制臺灣與中國的交流發展。在荷蘭統治時代，鹿耳門港道本來就是漢人戎克船進入台江內海的第二個孔道（大員為第一個孔道，但受熱蘭遮城荷蘭人的直接監控），臺灣納入清帝國版圖後以鹿耳門為進出府城之孔道，以廈門與鹿耳門為對渡口岸。

在臺灣方志中，薛志亮刊於清嘉慶12年的「續修臺灣縣志」，匯集對閩臺歷史航道與黑水溝之清楚記錄，可對臺灣早期航海歷史與文化的有初步的瞭解。

鹿耳門西北至澎湖，水程四更，約一百八十里，澎湖西北至廈門，水程七更，約三百里。海潮流止分南北，臺、廈往來橫流而渡，號曰橫洋。自臺抵澎為小洋，自澎抵廈為大洋；故亦稱重洋。來臺諸舟，必以澎湖為關津，由西嶼頭入泊媽宮等澳，然後出東吉，過小洋，抵鹿耳，其常也。或已入澎湖，而風信未可行，嘗有灣泊至旬以外者。

凡往內地之舟，皆於黎明時出鹿耳門放洋(舟人捩舵揚帆出海曰放洋。鹿耳門港南北有二礁，植標以記，不敢逼犯。質明見標，舟乃可行)；清明後，南風始發，從鹿耳門外徑去，白露後北風漸盛，必至隙仔港口(在鹿耳門外之北)，方可開駕(舟行務依上風，故南風放洋從南，北風放洋從北。若誤落下風，針路便失)，約行百里，望見東西吉嶼，經二嶼便抵澎湖，大約午後可到。南風宜泊水垵澳，北風宜泊網澳、內塹、外塹等澳，餘詳前澳嶼內，自澎往廈，悉以黃昏為期，越宿而內地之山隱現目前。此就順風而言，若南風柔弱，風不勝帆，常一、二日夜方抵澎湖，至廈門則更緩。又若北風凜烈，帆不勝風，摺帆駕駛，登岸亦稍遲焉。 黑水溝位置：小洋海象最險惡，位於臺澎交界黑水溝為澎、廈分界處，廣約六、七十里，險冠諸海。其深無底，水黑如墨，湍激悍怒，勢如稍窪。舟利乘風疾行，亂流而渡，遲則波濤衝擊，易致針路差失。(按黑水溝有二：其在澎湖之西者，廣可八十餘里，為澎廈分界處，水黑如墨，名曰大洋。其在澎湖之東者，廣亦八十餘里，則為臺、澎分界處，名曰小洋。小洋水比大洋更黑，其深無底，大洋風靜時尚可寄椗，小洋則不可寄椗；其險過於大洋。此前輩諸書紀載所未及辨也)