隸屬於特有生物研究保育中心，館內有全世界琵鷺屬鳥類及黑面琵鷺食衣住行介紹、黑面琵鷺標本、濕地生態介紹及臺南海岸保育史等展示，並提供導覽解說及影片觀賞服務。
黑面琵鷺保護區為面積約300公頃的河口沼澤濕地，為了保育曾文溪口野生鳥類資源及其棲息環境而劃設。每年9月底陸續飛來此棲息度冬的瀕臨絕種保育鳥類─黑面琵鷺，數量可達族群總數之半。管理處於每年10月至翌年3月於此提供解說、望遠鏡及黑面琵鷺即時影像服務。
居民早期大多養殖虱目魚，有一望無際的魚塭與濃濃的漁村風情。因位於河海交會濕地之處，生態資源豐富，特別是每年來此棲息度冬的黑面琵鷺，成為地方社區發展意象與生態旅遊獨特資源。
位於七股潟湖與三股、七股溪的交界處，潮間帶生物資源豐富，可至賞鳥亭觀賞由海茄苳為主及部分欖李所組成的紅樹林植群，以及鷺科鳥類在此棲息築巢的景觀。