台江國家公園位於臺灣本島西南沿海，擁有廣闊的濕地生態，是東亞-澳大利西亞候鳥遷徙線的重要驛站。原為台江內海的這片土地，經過數百年淤積與陸化，逐漸轉變成今日的海埔地、潟湖、濕地、鹽田、魚塭、草澤、農墾地與聚落等多樣景致。如今，這裡每年秋冬吸引數以萬計的候鳥停棲度冬，成為鳥類多樣性的核心棲地。
根據歷年文獻與資料庫資料，園區累計有420種鳥類，佔臺灣已知鳥類總數的60%以上，足見台江國家公園豐富的鳥類多樣性。這420種鳥類中包含有40種臺灣特有種或特有亞種，如臺灣竹雞與環頸雉；保育類鳥種則高達81種，如黑面琵鷺、黑嘴端鳳頭燕鷗、草鴞、環頸雉與燕鴴等。
園區鳥類依遷移屬性劃分，包含有留鳥82種、冬候鳥129種、夏候鳥13種、過境鳥108種、迷鳥48種、海鳥18種，以及外來種22種，大致以遷移性候鳥及過境鳥佔有較高比例，冬候鳥約佔31%，夏候鳥3%，過境鳥26%，留鳥種類僅佔約20%。
這些鳥類的生態習性多樣，棲息環境也互有不同，以下依台江國家公園內主要的自然生態環境，包括河口沙洲、魚塭、鹽田、紅樹林及防風林，分別介紹各類環境裡常見的鳥類。
河口沙洲
河口的鳥類以海鳥、鷗科、鷸科、鴴科、鷺科為主。鷗科如黑尾鷗、紅嘴鷗、小燕鷗、鳳頭燕鷗、裏海燕鷗、黑腹燕鷗，會在海面上覓食或停在河口沙洲上休息，也喜歡站立在河口海面的突出物上。鳳頭燕鷗是台江地區的夏候鳥，紅嘴鷗、裏海燕鷗是冬候鳥。河口沙洲退潮時，潮間帶豐富的食物會吸引鷸科來覓食，例如大杓鷸、中杓鷸、反嘴鷸、紅胸濱鷸、三趾濱鷸等，還有鴴科如東方環頸鴴、鐵嘴鴴、蒙古鴴、金斑鴴。河口沙洲偶爾也可見到猛禽出現，例如魚鷹、紅隼。
魚塭
魚塭的鳥類相隨水位的高低和季節不同而有變化。水位較高時，出現的多是可浮在水面上的鳥類，如琵嘴鴨、小水鴨、紅冠水雞、小鸊鷉。水位較低時，可以見到腳較長的鷺科，如小白鷺、大白鷺、蒼鷺等。水位更低或成為泥灘地時，可以看到腳較短的鷸鴴科，如鷹斑鷸、青足鷸、東方環頸鴴等。以季節來說，春秋季常有機會看到大量的過境鷸鴴科，例如紅胸濱鷸、彎嘴濱鷸、金斑鴴、鐵嘴鴴。夏季時，鳥種較少，通常只有紅冠水雞、小鸊鷉、小白鷺會出現。冬季以度冬的候鳥為主，如大白鷺、小水鴨、赤頸鴨、琵嘴鴨、黑腹濱鷸、紅胸濱鷸、東方環頸鴴等，另外偶爾可在淺水的魚塭裡或是魚塭之間的土堤看到黑面琵鷺。
小鸊鷉 Tachybaptus ruficollis
鹽田
台江地區的鹽田多已停曬，水位各有差異，形成的鳥類相也不同。水位深的鹽田出現的鳥類多是可以浮在水面上的雁鴨科、鷗科及腳長的鷺科，如尖尾鴨、赤頸鴨、紅嘴鷗、大白鷺等。水位稍淺的鹽田主要會出現腳長的中大型鷸鴴科，如青足鷸、赤足鷸、黑尾鷸、高蹺鴴等。水位很低的鹽田常可見到腳比較短，但是偏好在水中覓食活動的鷸鴴科，如黑腹濱鷸、鷹斑鷸等，泥灘型態的鹽田則以偏好泥灘地的小型鷸鴴科較常見，如紅胸濱鷸、長趾濱鷸、小環頸鴴等。另外鹽田偶爾可以見到以棲息在鹽田的鳥類為主要獵物的猛禽，例如遊隼。
高蹺鴴 Himantopus Himantopus
紅樹林
紅樹林的鳥類以鷺科最常見，小白鷺、夜鷺、黃頭鷺不但在紅樹林上棲息，在紅樹林旁的灘地覓食，也在紅樹林區築巢繁殖。白腹秧雞、紅冠水雞、灰胸秧雞、黃小鷺偏好活動於紅樹林下層或底層泥灘地，翠鳥常出現在紅樹林邊緣覓食，偶爾可見大卷尾、喜鵲、珠頸斑鳩、紅鳩出現在紅樹林上層。灰頭鷦鶯、褐頭鷦鶯、綠繡眼、白頭翁和鵲鴝是紅樹林全年可見的鳥類。在春秋過境期與冬季，於紅樹林中下層可見極北柳鶯、野鴝、黃尾鴝、遠東樹鶯等習性較隱蔽的鳥類；紅樹林附近的潮間帶泥灘地常可見到覓食的水鳥，如青足鷸、小青足鷸、赤足鷸、磯鷸、紅胸濱鷸、黑腹濱鷸、彎嘴濱鷸、金斑鴴、東方環頸鴴等。
東方環頸鴴 Charadrius alexandrinus
防風林
防風林內及其周邊有樹木、草地、灌叢、水池和潮溝，出現的鳥類大多為森林性鳥種。樹林中較常見的是鷺科鳥類，夏季時可見到小白鷺、黃頭鷺、夜鷺集體繁殖於樹林中上層。樹林內的水池可見到紅冠水雞、磯鷸、翠鳥等鳥類，樹林下層的草地或落葉層可見鶺鴒科如樹鷚、白背鷚，防風林上空常見到燕科及猛禽。防風林裡春秋過境期的鳥況相當精采，各種遷徙性的猛禽、杜鵑科、鶇科、鶲科、鶯科、鵐科、雀科、椋鳥科等都有機會出現，常見的鳥種有赤腹鷹、紅尾伯勞、中杜鵑、極北柳鶯、灰斑鶲、赤腹鶇等。防風林裡全年可見的鳥種包括白頭翁、麻雀、斑文鳥、綠繡眼、灰頭鷦鶯、褐頭鷦鶯、大卷尾、喜鵲等。