台江國家公園位處西南沿海，陸域土壤鹽分高，多處水體含有鹽分，可能會對於生存在此處的兩棲爬蟲類產生鹽度壓力，影響其數量與分布。兩棲類的生活史主要依賴淡水環境，無真正海生的種類。由於兩棲類在某些生活史階段無法離開水域，加上皮膚、卵膜通透性高，所以鹽度對於兩棲類而言，是重要的潛在生理障礙，在含有鹽分的水域下較難維持體內滲透壓平衡，甚至造成脫水死亡，因此，鹽度所形成的滲透壓力，是影響兩棲類的數量與分布的重要因素之一。比起兩棲類來說，爬蟲類較能適應半淡鹹水環境，甚至有些爬蟲類棲息於海洋環境。
107年本處委託中華民國環境教育學會進行園區陸域兩棲爬蟲類基礎調查，共記錄26種兩棲爬蟲動物，其中兩棲類6種，爬蟲類20種。兩棲類有小雨蛙、亞洲錦蛙、貢德氏赤蛙、澤蛙、虎皮蛙及黑眶蟾蜍。爬蟲類較常見有雨傘節、眼鏡蛇、花浪蛇、王錦蛇、南蛇、鉤盲蛇、無疣蝎虎、疣尾蝎虎、多線真稜蜥、長尾真稜蜥、斑龜等，較特別的為青蛇、蓬萊草蜥。
澤蛙 Fejervarya limnocharis
蓬萊草蜥 Takydromus stejnegeri