台江國家公園蟹類資源主要分布於沿海消波塊、人工石礫區、沙灘、潟湖、紅樹林沼澤、潮溝、泥質潮汐灘地、海岸林、亞潮帶等，包含水深最深達170公尺的黑水溝，至目前共發現146種，蟹類多樣性相當高。
以園區內常見的招潮蟹為例，即有12種之多，尤其臺灣招潮更為臺灣特有種。臺灣招潮喜穴居於高潮線下方土質黏性大的泥灘地，雌雄配對後雌蟹會住進雄蟹洞穴，雄蟹會將挖出的土團堆在洞口形成煙囪並封閉洞口，為招潮蟹中非常特別的習性，主要分布在曾文溪口南北岸。弧邊招潮及乳白招潮都是園區內常見的招潮蟹，弧邊招潮穴居於海岸及河口泥灘地、魚塭潮溝、紅樹林外圍底層，或是潮間帶較乾燥的沙泥區，會在洞口上方修築煙囪。乳白招潮大多集體穴居於高潮線排水好的沙灘地，有些洞口一側具弧塔構造。
短指和尚蟹Mictyris brevidactylus
園區內資源特色之一的短指和尚蟹，其體呈圓球型，有如「和尚頭」而得名，群居於河口、潮間帶沙泥灘地，是能直行的螃蟹之一，在退潮後會集體出外覓食，有如成千上萬蟹將雄兵，排山倒海而來，具有高度生態旅遊價值。
亞潮帶底棲蟹類部分，經105-108年調查，七股沿海優勢蟹種為紅星梭子蟹、銀光梭子蟹及矛形梭子蟹，黑水溝優勢蟹種為矛形梭子蟹、短刺伊氏蟹及雙斑蟳。園區首次記錄到顆粒擬關公蟹、銳刺長踦蟹、葛氏管須蟹及卷折饅頭蟹。高經濟性蟹種遠海梭子蟹稚蟹和雌蟹會棲息於河口紅樹林或沿海地區，抱卵雌蟹會移動到深水域釋放卵，台江國家公園海域是遠海梭子蟹重要的孵化場所，而七股潟湖等濕地則是其成長棲地。
紅星梭子蟹Portunus sanguinolentus
矛形梭子蟹Xiphonectes hastatoides
遠海梭子蟹（雄蟹）Portunus pelagicus
遠海梭子蟹（雌蟹） Portunus pelagicus
潮上帶陸蟹部分，109-110年委託台灣生態學會劉烘昌博士團隊進行調查及相關文獻整理，共記錄32種。台江國家公園具有數量豐富的兇狠圓軸蟹族群與種類豐富的擬相手蟹及新脹蟹，彰顯其海岸濕地特性。優勢陸蟹為兇狠圓軸蟹、角眼沙蟹、中華沙蟹、雙齒擬相手蟹、臺灣厚蟹及凹足陸寄居蟹。兇狠圓軸蟹是台江國家公園最具有代表性的陸蟹，廣泛分布在園區內各地，族群數量龐大，是臺灣兇狠圓軸蟹記錄過的最大族群，族群體型之大亦是舉世罕見。台江國家公園較特殊的陸蟹為老猴擬相手蟹與平掌沙蟹，此處是這兩種陸蟹的最北族群分布紀錄。
角眼沙蟹 Ocypode ceratophthalmus
雙齒擬相手蟹 Parasesarma bidens