鯨豚
根據葉世文等(2010)，台江地區記錄過21種鯨豚種類，然而臺灣西南沿海或臺南沿海的鯨豚資源調查非常少。目前於四草大眾廟有抹香鯨陳列館，鹽田文化村有台江鯨豚館，皆可觀賞到鯨豚骨骼標本，另鹽田文化村內更有鯨豚救援中心。
魚類
台江國家公園水域包含淡水、濕地、河口、潟湖、潮間帶、珊瑚礁、亞潮帶沙泥地等多樣棲地類型，孕育豐富且多樣的魚類資源，根據本處105-108年委託國立中山大學陳孟仙教授研究團隊調查及文獻資料，共記錄有798種魚類。
園區亞潮帶常見的魚包含小型比目魚、天竺鯛、牛尾魚、鼠䲗與魟魚等。比目魚是好幾種魚類的通稱，像是鰈、鮃、舌鰨等，都可稱比目魚，另外還有「扁魚」與「皇帝魚」的稱呼。
經105-108年調查，七股沿海優勢魚種為高體大鱗鮃、準大頭狗母魚及黑斑圓鱗鰨、黑似天竺鯛和寬條鸚天竺鯛；黑水溝優勢魚種為小口鮋、格氏舌鰨、鱗鰭叫姑魚、褐黃扁魟及臺灣腔吻鱈。高體大鱗鮃可在七股沿海完成生活史，生殖季節在春季。準大頭狗母魚為身體圓形細長，吻短嘴巴大，牙齒尖銳的肉食魚類，身體花紋與環境相似，會將身體埋在沙中，僅露出眼睛，伺機捕食水層中的小魚或甲殼類，七股沿海是準大頭狗母魚的育幼場及覓食場。褐黃扁魟體盤呈菱形，尾部有一根大刺。
高體大鱗鮃
Tarphops oligolepis
準大頭狗母魚
Trachinocephalus myops
褐黃扁魟
Urolophus aurantiacus
黑似天竺鯛
Apogonichthyoides niger
寬條鸚天竺鯛
Ostorhinchus fasciatus
臺灣腔吻鱈（幼魚）
Coelorinchus formosanus
台江國家公園內鯔科魚類是最普遍可見的魚種，一般小型鯔科魚類俗稱豆仔魚，如大鱗鮻、綠背鮻等，而經濟價值甚高的烏魚（鯔）受季節性遷移影響，冬季寒流來襲時，臺灣南部海域附近的烏魚族群會大量增加，其稚魚及部分族群也會留滯在濕地裡。
另虱目魚在台江國家公園也相當常見，是台江地區最具代表性的養殖魚種。鰕虎科亦為常見魚類，彈塗魚、大彈塗魚即最為人所熟知，而本處委託國立臺灣海洋大學海洋生物研究所陳義雄教授之研究團隊於102年在台江地區之河口半淡鹹水交會處及紅樹林採集調查研究，發現世界新種並命名為台江擬鰕虎（Pseudogobius taijiangensis），證明台江國家公園是生物多樣性寶庫。台江擬鰕虎等這類不起眼的小型魚類，和瀕臨絕種保育類黑面琵鷺生活於同一場域，提供候鳥補充遠渡重洋、度冬時的重要食物來源，生態角色上極其重要。
大彈塗魚
Boleophthalmus pectinirostris
台江擬鰕虎（註：上為雄魚、下為雌魚）
Pseudogobius taijiangensis
園區濕地保有高歧異度的魚類資源，七股潟湖與其周邊複雜的生態環境具有最高之魚種多樣性，主要的優勢種為黃小沙丁魚、日本海鰶、環球海鰶、黑邊布氏鰏、項斑項鰏、鯔、大鱗鮻、綠背鮻、花錐脊塘鱧、叉舌鰕虎、深鰕虎、鰻蝦虎、四帶牙鯻、褐臭肚魚等。
黑邊布氏鰏
Eubleekeria splendens
四帶牙鯻
Pelates quadrilineatus